的營養清除β類澱粉樣蛋白和濤蛋白(Tau protein)
解剖許多帕金森氏症患者的屍體後發現,黑質多巴胺神經元中有堆積成塊的蛋白質。
阿茲海默症與杭丁頓氏症患者也有這種蛋白質塊,但在帕金森氏症中稱為路易體(Lewy body)。
原本摺疊就不正常、或重新摺疊但沒摺好的蛋白質,註定會由稱為泛素–蛋白分解體(ubiquitin-proteasome)系統清除。
細胞自噬能夠降解細胞中大量的錯誤折疊的蛋白, 細胞代謝過程中產生的沒有功能的蛋白, 還有一些存在於細胞內的毒蛋白, 所以細胞自噬作用的調節顯得尤為重要。